1937年抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，東北、華北、華東大部分地區(qū)被日軍侵占，使桑志華的采掘工作被迫中斷。1938年日軍侵占天津，桑志華回國(guó)，北疆博物院也基本停止了采掘與研究工作。1938年至1949年，北疆博物院處于看守階段。
1951年2月，北疆博物院由私立津沽大學(xué)代管。1951年9月，天津市委宣傳部接收北疆博物院。 1952年6月，天津市人民政府批準(zhǔn)在北疆博物院的基礎(chǔ)上組成天津人民科學(xué)館籌備委員會(huì)，1952年11月，天津市人民科學(xué)館成立。1957年6月，天津人民科學(xué)館更名為天津市自然博物館。1959年陳列展覽和辦公地址遷至河西區(qū)馬場(chǎng)道272號(hào)（原英國(guó)跑馬場(chǎng)的馬廄）。同年，時(shí)任政務(wù)院副總理、文化教育委員會(huì)主任、中國(guó)科學(xué)院院長(zhǎng)郭沫若先生為該館題寫了館名。1968年8月，天津市歷史博物館、天津市藝術(shù)博物館、天津市自然博物館合并，組建天津市博物館。1973年12月，恢復(fù)各博物館建制。1974年1月，更名為天津自然博物館。1975年在原址改建展室，1978年建成開放。
1997年天津市政府投資在原址翻建天津自然博物館，1998年重新開放。新館占地2萬(wàn)平方米，建筑面積1.2萬(wàn)平方米，由陳列館、藏品庫(kù)、業(yè)務(wù)用房、植物園四個(gè)功能區(qū)組成。主體建筑“海貝含珠”造型，寓意天津自然博物館是渤海之濱的一顆明珠。
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